Etude de la prévalence des infections à rotavirusA en France chez des poulains atteints de diarrhée en 2021

Introduction

Les infections à rotavirus sont la cause la plus fréquente de diarrhée virale chez le poulain ^[1,2]. Pourtant, elles sont peu diagnostiquées en France.

Objectifs

L’objectif de cette étude était de préciser la prévalence des infections à rotavirus chez des poulains présentant de la diarrhée et de comparer si possible les résultats issus d’effectifs vaccinés ou non.

Matériel et méthodes

Zoetis a proposé aux vétérinaires français ayant une activité équine partielle ou totale de prendre en charge financièrement les PCR rotavirus contre accès aux résultats et aux commémoratifs via une fiche individuelle pré-remplie à compléter et à joindre au prélèvement.

Les critères d’inclusion étaient : poulains de moins de 6 mois et présentant a minima une diarrhée. De plus, la fiche de commémoratifs fournie devait être complétée.

Les échantillons ont été analysés par le laboratoire Vetodiag par qPCR semi-quantitative comprenant un pré-traitement des selles, une extraction sur Qiacube HT et une amplification sur QuantStudio 5 (gène cible NSP3) ^[3].

Résultats

93 PCR ont été réalisées, 4 poulains ont été exclus par défaut de commémoratifs. Un total de 89 poulains (47% de femelles et 53% de mâles) de 11 races, issus majoritairement d’élevages (77% contre 20% de particuliers) répartis sur 16 départements,composent l’effectif. Les poulains étaient âgés de 2 à 150 jours avec une moyenne de 32 jours. 17% d’entre eux étaient issus de mères vaccinées contre le rotavirus équin (sérotype G3P12).

25 PCR se sont avérées positives et 65 négatives, donnant une prévalence de 28% au sein de l’effectif global.
Parmi les poulains positifs, 13 sont des femelles, 12 des mâles. Tous sauf un vivent en élevage.

La totalité des poulains issus de mères vaccinées (15) sont de race pur-sang, 11 sont négatifs et 4 positifs, la prévalence dans ce groupe est donc de 27%. Parmi les poulains non immunisés (73), 29% sont positifs. Les statistiques comparant les groupes « poulains immunisés » et « poulains non immunisés » ne sont pas significatives du fait du faible nombre d’individus dans le 1^er groupe.

Les symptômes rencontrés le plus souvent chez les poulains positifs sont l’hyperthermie (12/25), l’abattement (12/25) et la dysorexie (9/25).

Discussion

La majorité des diarrhées (non associées à une ou plusieurs autres atteintes) reste sans diagnostic étiologique. Au sein de cette étude, plus d’un quart des cas de diarrhée est dû à un rotavirus, ce qui souligne la fréquence de ces infections chez le poulain. La relative concentration des échantillons sur l’ouest de la France (en corrélation avec la concentration des élevages) permet difficilement d’étendre cette « prévalence » au territoire national. Les rotaviroses sont souvent considérées comme une maladie d’élevage de Pur-sang, probablement, car la pathologie y est plus connue et plus diagnostiquée. Cette étude montre également une représentation plus importante de cette race, néanmoins, les autres races peuvent aussi être affectées (cf. Fig. 1).

La prévalence de cas positifs dans l’effectif de poulains issus de mères vaccinées (27%) peut surprendre et laisser croire à une non-efficacité de cette vaccination. Mais en excluant les poulains de plus de 60 jours (3/4), l’indication du vaccin précisant une augmentation des anticorps contre le rotavirus équin pendant environ 60 jours, la prévalence chute considérablement (7%). Le 4ème poulain issu de mère vaccinée est à la limite puisqu’il avait 60 jours.

Conclusion

Malgré le faible nombre de poulains testés, la relative concentration géographique et le biais lié au recueil des commémoratifs par différents vétérinaires praticiens, cette étude montre qu’une infection à rotavirus est toujours à considérer en présence d’un poulain de moins de 6 mois présentant de la diarrhée, quelle que soit sa race. Le faible nombre de cas ne permet pas de mettre en évidence une différence significative sur la prévalence des rotaviroses entre les poulains vaccinés et les poulains non vaccinés même si les résultats préliminaires sont encourageants. D’autre part, l’immunisation des poulains se faisant par transfert d’immunité passive via le colostrum de mères vaccinées, les facteurs liés au péri-partum devraient être pris en compte dans les études futures (durée de la gestation, qualité du colostrum, prise de colostrum...). Une étude sur les poulains nés en 2022 est en cours de réalisation en partenariat avec Labéo et Vetodiag. Sur les souches récoltées en 2022, un typage pourra être réalisé afin d’établir un suivi génétique et une recherche de rotavirus B également afin de mettre en évidence une éventuelle émergence de ce type en France.